Há 40 anos um poderoso pokémon, Celebi, escapou por pouco de um caçador especializado em capturar e vender pokémon raros. Juntamente com Sammy, um garoto, Celebi usou seus poderes para viajar no tempo e escapar da ameaça. Já no presente Sammy encontra Ash, Pikachu e seus amigos, a quem pede ajuda já que Celebi está esgotado pelo esforço feito pela viagem. Entretanto o grupo terá que enfrentar um poderoso vilão, que possui uma pokébola capaz de transformar os pokémon capturados em criaturas malignas e poderosas.