As Tartarugas Ninja estão procurando um novo lugar para morar nos esgotos de Nova York, quando encontram integrantes do clã Foot, liderado por Destruidor. É quando eles descobrem o Ooze, a substância que transformou as próprias Tartarugas Ninja. O Destruidor usa este material para criar dois novos capangas, Tokka e Rahzar, e os envia para provocar destruições na cidade. Com a ajuda da jornalista April O'Neill, do professor Jordan Perry e do entregador de pizza Keno, as Tartarugas Ninja precisam detê-los.