Madoka Kaname e sua melhor amiga, Sayaka Miki, são estudantes comuns do ensino médio na cidade de Mitakihara. Certo dia, elas encontram uma criatura semelhante a um gato chamada Kyuubey, que afirma poder realizar um desejo delas. Em troca, elas se tornariam garotas mágicas e lutariam contra o mal causado por bruxas. No entanto, a misteriosa estudante transferida, Homura Akemi, parece determinada a impedir Madoka de se tornar uma garota mágica a qualquer custo.