Em 2034, dois anos após a saída da Major Motoko Kusanagi da Seção 9, tudo está completamente diferente por lá. Togusa tomou as rédeas e é agora o novo líder do grupo, que conta com caras novas e mais integrantes. Além destas mudanças, a cidade agora tem também um novo inimigo: Puppet Master, responsável por uma série de eventos violentos.