Nas primeiras batalhas contra os monstruosos Anjos, os jovens pilotos de Eva, Shinji e Rei, foram forçados a carregar as esperanças da humanidade nos ombros. Agora, com o ataque mortal dos Anjos se intensificando e o apocalíptico Terceiro Impacto se aproximando, Shinji e Rei descobrem que seu fardo é compartilhado por duas novas pilotos de Eva, a impetuosa Asuka e a misteriosa Mari Illustrious. Quatro jovens almas lutam desesperadamente para salvar a humanidade dos céus — mas será que elas serão capazes de salvar a si mesmas?