Kubo vive uma normal e tranquila vida em uma pequena vila no Japão com sua mãe. Até que um espírito vingativo do passado muda completamente sua vida, ao fazer com que todos os tipos de deuses e monstros o persigam. Agora, para sobreviver, Kubo terá de encontrar uma armadura mágica que foi usada pelo seu falecido pai, um lendário guerreiro samurai.