A história de uma das figuras mais enigmáticas e incompreendidas da história bíblica: Maria Madalena (Rooney Mara). Em busca de uma nova maneira de viver, contrariando a sociedade, sua familia tradicional e o machismo de alguns apóstolos, a jovem junta-se a Jesus de Nazaré (Joaquin Phoenix) em sua incansável missão de propagar a fé.