J já viu coisas inexplicáveis em seus quinze anos com os Homens de Preto, porém, nada, nem mesmo alienígenas o deixam mais perplexo que seu parceiro irônico e reticente. Mas quando a vida de K e o destino do planeta estão em jogo, o agente J terá de viajar no tempo, no passado, para acertar as coisas. J descobre que o universo tem segredos que K nunca contou a ele – segredos que acabarão se revelando quando ele se unir ao jovem agente K para salvar seu parceiro, a agência e o futuro da humanidade.