Após o incidente na União do Sudeste Asiático em 2116, Shinya Kogami retoma sua jornada errante. Em um pequeno país do sul da Ásia, Kogami resgata um ônibus de refugiados sob ataque de forças armadas de guerrilha. Entre os refugiados está uma jovem chamada Tenzin, que implora a Kogami para ensiná-la a retaliar o inimigo. O que a garota que deseja vingança e o homem que vingou vêem a borda de um mundo do qual não há escapatória?