Século XVII. Dois padres jesuítas portugueses, Sebastião Rodrigues (Andrew Garfield) e Francisco Garupe (Adam Driver), viajam até o Japão em uma época onde o catolicismo foi banido. À procura do mentor deles, padre Ferreira (Liam Neeson) os jesuítas enfrentam a violência e perseguição de um governo que deseja expurgar todas as influências externas.