Dois anos depois de ajudá-la a se libertar do cativeiro, o garoto Jesse (Jason James Richter) e e a orca Willy se reencontram na costa do Oceano Pacífico. O jovem leva uma vida tranquila ao lado de seus pais adotivos e a baleia assassina agora nada acompanhada de seus novos amigos. Os dois vão embarcar em uma nova aventura para evitar que um grande vazamento de óleo os separe mais uma vez.