Ano 2012, o mundo foi destruído, a exceção de Tokyo, ao menos foi isso que Kamina Ayato aprendeu na escola. Quando Tokyo é atacada, Ayato consegue escapar e meio a batalha com uma "arma" muito especial o RahXephon. O que ele descobre no mundo além da sua cidade é que tudo o que ele pensava ser verdade, não passava de uma ilusão. Não apenas o resto do mundo sobreviveu, como também estão em guerra contra Tokyo. Agora, Ayato luta para decifrar os mistérios da sua origem, e da própria existência do Rahxephon.