Uma espécie alienígena andrógina chamada Taelons chega à Terra, alegando ser companheira da humanidade e pondo fim ao crime, às doenças e à fome. Alguns desconfiam dos Taelons e formam um movimento de resistência. A resistência logo descobre que a força que sustenta os Taelons está se deteriorando e que eles estão usando humanos como cobaias em experimentos para salvar sua espécie. O foco inicial da série era o Comandante William Boone e sua parceira, a Capitã Lili Marquette, que trabalhavam tanto para os Taelons quanto para a resistência. Após a morte de Boone, a série introduziu um novo protagonista, o Major Liam Kincaid, e passou a explorar os pontos fortes de seu elenco.