Apelidado pelos fãs de "Yu-Gi-Oh! Zero" o anime foi produzido pela Toei Animation em 1998 e adapta livremente os primeiros 59 capítulos do mangá, adicionando eventos e personagens originais que não estão presentes nele. Na história Yugi Muto, Um garoto tímido que ama todos os tipos de jogos, um dia resolve um antigo quebra-cabeça conhecido como Quebra-cabeça do Milênio, fazendo com que seu corpo hospede o espírito de um antigo faraó.